Mô hình kinh tế HTX kiểu cũ thật sự khó khăn và lâm vào tình thế khủng hoảng phải giải thể hàng loạt. Trong bối cảnh như thế, ngày 12/5/1989 UBND Thành phố Hồ Chí Minh có chủ trương chuyển đổi Ban Quản lý HTX Mua Bán Thành phố trở thành Liên hiệp HTX Mua bán Thành phố Hồ Chí Minh – Saigon Co.op với 2 chức năng trực tiếp kinh doanh và tổ chức vận động phong trào HTX. Saigon Co.op là tổ chức kinh tế HTX theo nguyên tắc xác lập sở hữu tập thể, hoạt động sản xuất kinh doanh tự chủ và tự chịu trách nhiệm.

Nắm bắt cơ hội phát triển: từ năm 1992 – 1997

Cùng với sự phát triển của nền kinh tế đất nước, các nguồn vốn đầu tư nước ngoài vào Việt Nam làm cho các Doanh nghiệp phải năng động và sáng tạo để nắm bắt các cơ hội kinh doanh, học hỏi kinh nghiệm quản lý từ các đối tác nước ngoài. Saigon Co.op đã khởi đầu bằng việc liên doanh liên kết với các công ty nước ngoài để gia tăng thêm nguồn lực cho hướng phát triển của mình. Là một trong số ít đơn vị có giấy phép XNK trực tiếp của Thành phố, hoạt động XNK phát triển mạnh mẽ mang lại hiệu quả cao, góp phần xác lập uy tín, vị thế của Saigon Co.op trên thị trường trong và ngoài nước.

Sự kiện nổi bật nhất là sự ra đời Siêu thị đầu tiên của Hệ thống Co.opMart là Co.opMart Cống Quỳnh vào ngày 09/02/1996, với sự giúp đỡ của các phong trào HTX quốc tế đến từ Nhật, Singapore và Thụy Điển. Từ đấy loại hình kinh doanh bán lẻ mới, văn minh phù hợp với xu hướng phát triển của Thành phố Hồ Chí Minh đánh dấu chặng đường mới của Saigon Co.op.

Khẳng định và phát triển: từ năm 1998 -2007

Giai đoạn 1998 -2003 ghi dấu ấn một chặng đường phát triển mới của Saigon Co.op.

Luật HTX ra đời tháng 01/1997 mà Saigon Co.op là mẫu HTX điển hình minh chứng sống động về sự cần thiết, tính hiệu quả của loại hình kinh tế HTX, góp phần tạo ra thuận lợi mới cho phong trào HTX trên cả nước phát triển.

Nhận thức được tầm quan trọng của hoạt động bán lẻ theo đúng chức năng, lãnh đạo Saigòn Co.op dành thời gian nghiên cứu học tập kinh nghiệm của hệ thống Siêu thị KF(Thụy Điển), NTUC Fair Price(Singapore), Co.op(Nhật Bản) để tạo ra một hệ thống siêu thị mang nét đặc trưng của phương thức HTX tại TpHCM và Việt Nam.

Năm 1998 Saigon Co.op đã tái cấu trúc về tổ chức và nhân sự, tập trung mọi nguồn lực của mình để đầu tư mạnh cho công tác bán lẻ (Các Siêu thị Co.opMart lần lượt ra đời đánh dấu một giai đoạn phát triển quan trọng : hình thành chuỗi Siêu thị mang thương hiệu Co.opMart).
Tính đến 02/2008, hệ thống Co.opMart có 28 siêu thị bao gồm 16 Co.opMart ở TPHCM và 12 Co.opMart tại các tỉnh (Co.opMart Cần Thơ, Mỹ Tho, Quy Nhơn, Vĩnh Long, Long Xuyên, Pleiku, Phan Thiết, Biên Hoà, Vị Thanh, Tam Kỳ, Tuy Hoà và Vũng Tàu).
Co.opMart trở thành thương hiệu quen thuộc của người dân thành phố và người tiêu dùng cả nước. Là nơi mua sắm đáng tin cậy của người tiêu dùng.

Các thành quả đạt được :

Tháng 8/2000 : Nhận danh hiệu Anh hùng lao động trong thời kỳ đổi mới
Tháng 05/2002 : Saigon Co.op vinh dự nhận Huân chương Lao động hạng Nhất
Năm 02/2004 : Saigon Co.op nhận chứng chỉ ISO 9001-2000
Năm 2005 : Nhà nước phong tặng Anh hùng lao động cho Bà Nguyễn Thị Nghĩa – Chủ tịch HĐQT Saigon Co.op.
Năm 2004 - 2007 : Saigon Co.op liên tục được bình chọn là nhà bán lẻ hàng đầu Việt Nam, Top 500 nhà bán lẻ hàng đầu Khu vực Châu Á Thái Bình Dương.
Năm 2007 :
     - Thương hiệu Việt được yêu thích nhất do Báo SGGP tổ chức bình chọn (2005-2006-2007).
     - Top 200 doanh nghiệp hàng đầu Việt Nam do tổ chức UNDP bình chọn.
     - Đoạt giải vàng chất lượng Châu Âu do tổ chức International Arch of Europe Award trao tặng.